L'option Ingéniérie des Systèmes Informatiques a pour objectif de donner les différentes compétences nécessaires aux métiers de développeurs d'applications complexes, de spécialistes réseaux, de chefs de projet ou d'architectes de grands systèmes informatiques. L'organisation de l'option ISI en modules a été conçue pour permettre de construire, selon ses préférences, un profil cohérent pour ces métiers.

Plus pratiquement l'objectif est de connaître les démarches et outils permettant la mise en place de systèmes logiciels pérennes, robustes et évolutifs. Les compétences nécessaires sont relatives d'une part à la maîtrise des techniques liées au développement logiciel (langages et modélisation, architectures logicielles distribuées et utilisation de middleware) mais aussi des solutions liées au transfert ou au stockage des données (volume, disponibilité, qualité de service). En plus de la maîtrise des aspects techniques, ces métiers demandent de connaître les procédés et les processus d'accompagnement de la construction et maintenance de ces systèmes, en incluant la qualité, la sécurité ou la sûreté de fonctionnement.